单位收受商家明扣、未如实入帐而转入小金库的行为，要视情况做出处理：如果单位收受回扣后用于集体福利开支的，不宜认定为犯罪；如果在小范围内以各种名义私分的，要重点追究决策者、直接实施者的刑事责任。个人接受回扣后又上交单位入账，经领导决定将其上交款的一部分作为对其的奖励，以资鼓动，同时教育他人的，应视为个人合法收入；个人为捞取回扣而与卖方勾结定价或购买伪劣商品，损害单位利益的，应认定为个人受贿。法律依据：《刑法》第三百八十五条
国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物的，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的，是受贿罪。国家工作人员在经济往来中，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，以受贿论处。
《刑法》第三百八十六条
对犯受贿罪的，根据受贿所得数额及情节，依照本法第三百八十三条的规定处罚。索贿的从重处罚。
《刑法》第三百八十三条
对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
(一)个人贪污数额在十万元以上的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，可以并处没收财产;情节特别严重的，处死刑，并处没收财产；
(二)个人贪污数额在五万元以上不满十万元的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产;情节特别严重的，处无期徒刑，并处没收财产；
(三)个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑;情节严重的，处七年以上十年以下有期徒刑。个人贪污数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现、积极退赃的，可以减轻处罚或者免予刑事处罚，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分‘’
(四)个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役;情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
《刑法》第三百八十八条
国家工作人员利用本人职权或者地位形成的便利条件，通过其他国家工作人员职务上的行为，为请托人谋取不正当利益，索取请托人财物或者收受请托人财物的，以受贿论处。
《刑法》第九十三条
本法所称国家工作人员，是指国家机关中从事公务的人员。国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员和国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员，以国家工作人员论。