(一)本罪与违反治安管理行为的界限
两者在表现形式上可能是相同的，都是扰乱了国家机关、团体、事业单位的秩序，致使工作、生产、营业、教学、科研不能正常进行。两者的主要区别是情节是否严重，是否使国家和社会遭受严重损失。如尚未造成严重损失的，是一般违反治安管理行为，应给予治安管理处罚。
由于领导上的官僚主义，对涉及群众利益的事处理不当或者工作上的缺点失误，以致引起群众闹事、闹学潮或罢工等，要进行深入细致的思想政治工作，要与聚众扰乱社会秩序罪加以区别，对于借学潮、罢工之机，故意歪曲党的方针政策，煽动群众，提出无理要求，破坏社会正常秩序，符合《刑法》第二百九十条规定的，则构成本罪。
(二)本罪同妨害公务罪的界限
（1）前者侵害的对象是国家机关、企事业单位和人民团体;后者侵害的对象是特定的国家工作人员。
（2）前者是聚众进行;后者可以是单个人进行。
（3）前者不限于采用暴力、威胁的方法;后者采用暴力、威胁的方法。
(三)本罪与聚众冲击国家机关罪的界限
聚众冲击国家机关的行为原本属于扰乱社会秩序的行为的一种，《刑法》鉴于国家机关正常活动对于维护社会稳定的重要性，将其单独规定为一罪。两罪的犯罪客体不同。本罪客体是企事业单位、社会团体的正常活动秩序。聚众冲击国家机关罪的客体是国家机关的正常活动;两罪的犯罪对象不同，聚众冲击国家机关的犯罪对象仅限于各级各类国家机关，本罪的犯罪对象是国家机关以外的其他企事业单位、社会团体。