1.公安机关可以调解结案。对原来认为“证据不足”的轻伤害案件经公安机关立案侦查终结后，应出具侦查终结报告书，送达双方当事人，并可对双方当事人进行说服教育，在双方当事人自愿的前提下，由双方当事人各自向公安机关写出调解申请书，在此基础上，公安机关可以组织调解结案。这样便于稳定双方情绪，及时化解矛盾。
2.由被害人提起自诉。对基本事实清楚、基本证据确实充分、且公安机关一时又不能说服双方当事人自愿调解的一般轻伤害案件，公安机关应当告知受害人向人民法院提起刑事附带民事诉讼。对公安机关侦查后认为伤害证据仍然不足，或难以查清，或公安机关不认为是犯罪的轻伤害案件，公安机关应当告知被害人向人民法院提起民事诉讼，要求对方承担民事责任。
3.对特殊案件实行“有限公诉”。即对符合上述一般公诉条件，案情复杂、社会影响或危害较大、公安机关已对被告人采取了强制措施、可以判处刑罚的轻伤害案件，公安机关应该将案件尽快移送检察机关依法提起公诉。
认定方法可概括为三点，一是个别判断，逐个审查。即要对案件的每一个证据的证据力和证明力加以确定，紧紧抓住判断每一个证据的标准，也就是客观性，关联性和合法性这项标准，加以权衡，不符合标准的应视为证据不足;
二是运用比较、鉴别、分析的方法，进行综合判断，排除矛盾，凡是矛盾没有得到排除，即可视为证据不足;
三是实物检验的方法，又称实物验证法则。按照唯物主义的基本立场和观点，案件中所有的言词证据，都要有实物证据验证，作到言之有物，即使没有收集到实物证据，也要把各种言词证据中所涉及到的人、财、物的来源和去向加以说明。
以及案件所涉及的钱、财、物有无可靠的来源和下落等等，不能只靠言词证据定罪处刑，有供无证，只有证言，只有被害人的陈述，没有实物证据验证，或曰没有必要的证据说明各种实物的来源和去向，均可视为证据不足。
因此，在面对一个案件的侦查过程中，如果最终是因为证据不足，那么很有可能就不会提起公诉，如果当事人想要提起民事诉讼，就由他自行提起民事诉讼，或者是向公安机关发出申请，由公安机关来对当事人的具体案件调解最终结案。